任何高分子材料的性能均由其结构决定的，聚氨酯结构包含化学结构和聚集结构两方面，化学结构即分子链结构，是合成之初配方设计中需要着重考虑的因素;聚集结构是指大分子链段的堆积状态，受分子链结构、合成工艺、使用条件等的影响。研究结构因素对性能的影响也就找到了提高水性聚氨酯胶粘剂性能的途径。具体有以下几方面的影响：
一、软段对性能的影响
聚氨酯弹性体的软链段主要影响材料的弹性，并对其低温性能和拉伸性能有显着的影响。一般情况下聚酯型聚氨酯弹性体比聚醚型聚氨酯弹性体具有更好的物理机械性能，而聚醚型聚氨酯具有更好的耐水解性和低温柔顺性能。聚醚软段具有较低的玻璃化转变温度，因而低温使用范围更广，而聚醚或聚酯软链段的规整度都能提高其结晶度，因而可改善材料的抗撕裂性能和抗拉强度，同时也能增加聚合物的滞后特性。
二、硬段对性能的影响
硬段结构基本上是低分子量的聚氨酯基团，这些基团的性质在很大程度上决定了弹性体的主链间相互作用以及由微相分离和氢键作用带来的物理交联结构。
异氰酸酯填料的结构对聚氨酯弹性体的性能起着关键性的作用，主要是它们庞大的体积可以引起较大的链间位阻，使材料具有较高的撕裂强度和模量。
三、交联的影响
聚氨酯弹性体基本上属于具有线性分子特征的热塑性树脂，但也可由多官能度扩链剂方式引入一定程度的交联。适当交联可以改善材料的物理机械性能，提高聚氨酯胶粘剂的耐水性和耐候性。但也有研究表明，高交联度导致处于橡胶态的聚氨酯弹性体模量下降，原因是硬链段微区里的交联会阻碍链段的最佳堆砌和降低玻璃态或次晶微区的含量。
四、微相分离结构的影响
聚氨酯的特殊性能来源于其明显的微相分离结构，不同大分子链的硬段聚集成晶区，起到了物理交联的作用，提高了体系的强韧性、耐温性和耐磨性能。硬段微区与软段基质存在氢键等形式的结合，因此起到活性填料的作用，是材料强韧化的根源。影响聚氨酯微相分离的因素很多，包括软硬嵌段的极性、分子量、化学结构、组成配比、软硬段间相互作用倾向及热力史、样品合成方法等。相互分离的微相中也存在链段之间的混合，从而导致软段玻璃化温度的提高和硬段玻璃化温度的减小，缩小了材料的使用温度范围，并使材料的耐热性能下降。
五、氢键的影响
聚氨酯弹性体在硬段与硬段之间和硬段与软段之间都能形成氢键，室温下聚氨酯分子中大约75%～95%的NH基都形成了氢键。氢键的作用在于能使聚氨酯胶粘剂耐受更高的使用温度，使聚氨酯弹性体在较高温度时可以保持橡胶态时的模量。